On mu je ukinuo kaznu od 15 godina na koliko je bio osuđen zbog terorizma i rada na otcepljenju Kosova i Metohije.

Kurti je uhapšen kada je pokušao da pobegne s Kosova i Metohije, u pritvoru je bio od 27. aprila 1999. godine, a osuđen je 13. marta 2000. na 15 godina zatvora u sudu u Nišu.

Kurti je pomilovan 7. decembra 2001. godine odlukom o pomilovanju po službenoj dužnosti, a na osnovu člana 98, tačka 8 Ustava SRJ, koju je potpisao Koštunica.

- Aljbin Kurti oslobađa se daljeg izvršenja izrečene kazne zatvora – navodi se u odluci.

Ovoj odluci prethodio je dopis tadašnjeg saveznog ministra pravde Save Markovića Koštunici s predlogom za pomilovanje Kurtija po službenoj dužnosti.

Kurti je osuđen u nameri ugrožavanja ustavnog uređenja i bezbednosti SRJ otcepi Kosmet i stvori nezavisna država: kao član predsedništva neprijateljskog udruženja Nezavisna unija studenata 1. oktobra 1997, i to 29.10.1997. i 30.12.1997. organizovao demonstracije za nezavisnost Kosova, zatim organizovao kurs prve pomoći i dobrovoljnog davanja krvi za pripadnike OVK i učestvovao u organizovanju konferencija na kojima je iznosio ciljeve bande OVK. Što je avgusta 1998. pristupio neprijateljskom udruženju OVK, i to kao sekretar političkog predstavnika te bande Adema Demaćija.

U dopisu Saveznog ministarstva pravde navodi se i da je inicijativu za pokretanje postupka pomilovanja pokrenuo Jugoslovenski komitet pravnika za ljudska prava (Jukom).